Как выяснилось, даже самая последняя версия doxygen не поддерживает неявные указатели на функции в качестве аргументов функций, поэтому в этом случае предлагается менять код следующим образом: all.h:456: -void parse(FILE *, char *, void (Dat *), void (Fn *)); +void parse(FILE *, char *, void (*)(Dat *), void (*)(Fn *));